ശ്രീഗുരുവായൂരപ്പനും ക്ഷേത്രത്തിലെ ഉപദേവന്‍മാര്‍ക്കുമായുള്ള മകരമാസശുദ്ധി ചടങ്ങുകള്‍ക്ക് ഫെബ്രുവരി 7ശനിയാഴ്ച തുടക്കമാകും. ശനിയാഴ്ച വൈകുന്നേരവും ഞായറാഴ്ച രാവിലെയും ശ്രീഗുരുവായൂരപ്പനും ശ്രീ അയ്യപ്പസ്വാമിക്ക് ശനിയാഴ്ചയും ശ്രീ ഗണപതിക്ക് ഫെബ്രുവരി 9 തിങ്കളാഴ്ചയും ശ്രീ ഭഗവതിക്ക് ഫെബ്രുവരി 10 ചൊവ്വാഴ്ചയും ശുദ്ധി ചടങ്ങുകള്‍ നടക്കും.

ശുദ്ധി ചടങ്ങുകള്‍ നടക്കുന്നതിനാല്‍ ശനിയാഴ്ച ദീപാരാധനയ്ക്ക് ശേഷം നാലമ്പലത്തിനകത്തേയ്ക്ക് പ്രവേശന നിയന്ത്രണം ഉണ്ടാകും. ഞായറാഴച ദീപാരാധനയ്ക്ക് ശ്രീഭൂതബലി ഉണ്ടാകും.